Еще вспомнил инструмент для работы с большими графами, называется Cytoscape (http://cytoscape.org/). Данный инструмент широко используется в биологических задачах, но также может быть использован для решения других задач анализа графических данных. Для него существует множество плагинов, позволяющих импортировать, анализировать (классификация, кластеризация и т.д.) и экспортировать данные.
